2018年9月17日，《Horticulture Research》杂志在线发表了我课题组硕士研究生徐慧敏为第一作者，题为“PGD:Pineapple Genomics Database”的研究论文，重点介绍了张积森教授团队开发的菠萝基因组数据库。福建农林大学基因组与生物技术研究中心张积森教授和明瑞光教授，山东农业大学的杨龙副教授为共同通迅作者；此外，于青一教授、唐海宝教授、研究生石岩、华秀婷参与该研究。项目得到福建省重大科技专项(2016NZ0001)和福建新世纪人才项目的资助。

菠萝是单子叶植物，在进化上与禾本科植物近缘（包括玉米、高粱、水稻、小麦），在进化上菠萝比禾本科少了一次全基因组复制事件，是禾本科作物比较基因组分析最好的基因组，也是研究凤梨科和景天酸代谢光合作用植物很好的参考模型。张积森教授团队开发了菠萝基因组数据库（PGD，Pineapple Genomics Database）的在线平台，平台储存和整合菠萝基因组、转录组、功能注释以及分子标记以及比较基因组等数据。

数据库网址：http://pineapple.angiosperms.org/pineapple/html/index.html

数据采集与处理

主要来自公共发表的平台，由Ray Ming. et al测序与组装的菠萝F153参考基因组数据。基于该数据，我们对其进行了基因功能注释，分子标记注释，转录组分析，基因共表达分析，菠萝景天酸代谢途径相关基因以及比较基因组分析，并将分析结果进行过滤最终以交互式的方式在该数据库展示。数据库结构如下：

数据库功能

该数据库涵盖了基因功能注释、分子标记、比较基因组、基因表达量和基因共表达的搜索工具，还包括基因组可视化工具和在线序列比对工具，如图A是基因共表达信息查询，用户可通过输入目标基因的ID查询与其它基因的相关性系数，图B是基因组信息以及功能注释信息的查询，用户可通过输入基因ID/功能注释ID/基因蛋白注释关键词，查询目标基因的相关信息，比如其GO注释，KEGG注释结果，InterPro注释结果，以及序列信息，并且可通过JBrowse可视化；图C是基因表达信息，该数据库共收录了45个转录组样本信息，其中包括不同部位，叶片不同时间段，以及叶片不同片段的基因表达量信息均在该数据库可查询；图D是比较基因组查询界面，该数据库对菠萝与其它物种（水稻，葡萄，浮萍，芦笋，油棕，枣椰树，高粱和香蕉）进行了比较基因组分析，用户可通过选择比较的物种，查询菠萝与其它物种的基因共线性；图E和F分别是BLAST序列 比对工具和基因浏览器，PGD也包括了菠萝景天酸代谢的模块，可以了解其与其它高光合物种之间的进化关系。该数据库为菠萝基因组序列信息搭建了良好的平台。并且，该数据库包含了一系列的附加页面，以交互式的方式展示数据和批量下载数据。

本数据库的目标为：存储和管理菠萝生物数据，促进禾本科作物比较基因组分析，进而构建综合型菠萝基因组数据库。数据库将定期更新内容，以储和管理菠萝生物数据，促进禾本科作物比较基因组分析，进而构建综合型菠萝基因组数据库为目标，不断完善和丰富数据库的内容。

论文连接：https://www.nature.com/articles/s41438-018-0078-2#article-info